Biocentrum Ochota - Grafen

Infrastruktura informatyczna dla rozwoju strategicznych kierunków biologii i medycyny

DL_POLY CLASSIC

DL_POLY_CLASSIC to pakiet symulacyjny z dziedziny dynamiki cząsteczkowej opracowany w Daresbury Laboratory (UK). Jego twórcami są: W. Smith, T.R. Forester and I.T. Todorov. Jest rozwinięciem pakietu DL_POLY_2.

DL_POLY Classic może pracować w trybie sekwencyjnym lub równoległym. Zrównoleglenie działania kodu zostało osiągnięte poprzez stategię replikowania danych. Program sprawnie obsługuje symulacjje o wielkości do 30,000 atomów i osiąga dobrą wydajność pracy równoległej do 100 procesorów.

Prawa do programu są własnością Science & Technology Facilities Council (STFC) a kod rozpowszechniany jest na zasadach licencji BSD, która daje dostęp do źródeł. Do ściągnięcia programu nie jest wymagana rejestracja, ale także nie ma żadnego wspracia poza forum: DL_POLY Online Forum, a opis można znaleźć w podręczniku użytkownika DL_POLY Classic User Manual (PDF).

Linki:

  1. Description:
    http://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY_CLASSIC/
    http://www.stfc.ac.uk/SCD/research/app/ccg/software/DL_POLY/44516.aspx
  2. Forum:
    http://www.stfc.ac.uk/CSE/randd/ccg/software/DL_POLY/25531.aspx
  3. User manual:
    http://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY_CLASSIC/MANUALS/USRMAN.pdf
  4. GUI manual:
    http://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY_CLASSIC/MANUALS/JavaGUI.pdf

Publikacje:

  1. Smith, W., Todorov, IT, A short description of DL_POLY, Molecular Simulation, 32, 12-13, 935-943, 2006.
  2. Kartsaklis, Ch., Todorov, I., Smith, W., DL_POLY 3: Hybrid CUDA/OpenMP porting of the non-bonded force-field for two-body systems, ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2010.
  3. Cazade, P. -A., Bordat, P., Baraille, I., Brown, R., Smith, W., Todorov, I. T., DL_POLY_2 adaptations for solvation studies, MOLECULAR SIMULATION, 37, 43-52, 2011.
  4. http://www.stfc.ac.uk/SCD/Publications/41153.aspx