Biocentrum Ochota - Grafen

Infrastruktura informatyczna dla rozwoju strategicznych kierunków biologii i medycyny

LAMMPS

LAMMPS to klasyczny program symulacji dynamiki cząstek. Jego nazwa jest akronimem słów Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. Może być wykorzystywany do symulacji ciał stałych (metale, półprzewodniki), materii miękkiej (biomolekuły, polimery) oraz układów ziarnistych i mezoskopowych. Może być używany do modelowania atomów, lub ogólniej, jako równoległy symulator cząstek w skali atomowej, mezo lub ciągłej.

Program może pracować na pojedynczym procesorze lub w trybie równoległym używając technik przekazywania wiadomości oraz dekompozycji przestrzennej symulowanej domeny. Kod programu został zaprojektowany pod kątem łatwej modyfikacji lu b rozbudowy o nowe funkcjonalności

LAMMPS jest dystrybuowany jako open-source na zasadach licencji GPL. Dystrybutorem jest Sandia National Laboratories, laboratorium Departamentu Energii Stanów Zjednoczonych.

Linki:

  1. Opis: http://lammps.sandia.gov/

Publikacje:

  1. Grindon, C; Harris, S; Evans, T; et al., Large-scale molecular dynamics simulation of DNA: implementation and validation of the AMBER98 force field in LAMMPS, PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY A-MATHEMATICAL PHYSICAL AND ENGINEERING SCIENCES, 362, 1820, 1373-1386, 2004.
  2. Kong, Ling TI., Bartels, G., Campana, C., Denniston, C., Mueser, M. Implementation of Green's function molecular dynamics: An extension to LAMMPS., COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 180, 6, 1004-1010, 2009.
  3. Frantz, D. B., Plimpton, S. J., Shephard, M. S., Software components for parallel multiscale simulation: an example with LAMMPS, ENGINEERING WITH COMPUTERS, 26, 2, 205-211, 2010.
  4. http://lammps.sandia.gov/papers.html