Biocentrum Ochota - Grafen

Infrastruktura informatyczna dla rozwoju strategicznych kierunków biologii i medycyny

VMD

VMD (Virtual Molecular Dynamics) to program do wizualizacji modelowania i analizy układów biologicznych takich jak białka, kwasy nukleinowe, dwuwarstwowe związki lipidowe itd. Program może wizualizować zarówno ogólne molekuły jak i ma możliwość czytania pików z Protein Data Bank (PDB). VMD dostarcza wiele metod renderowania i kolorowania molekuł: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, oraz inne. Może być użyty do animowania i analizowania trajektorii w symulacji dynamiki molekuł (MD). W szczególności może słuzyć jako graficzny front-end dla zewnętrznego programu MD poprzez wyświetlanie i animowanie molekuł podlegających symulacji na zdalnym komputerze. Może być integrowany z NAMD oraz DL_POLY.

VMD wspiera wszystkie platformy oraz obliczenia na GPU.

Program VMD został opracowany i jest utrzymywany przez Theoretical and Computational Biophysics Group Universytetu Illinois w Urbana-Champaign (UIUC). Prace opublikowane przez członków grupy były cytowane ponad 70850 razy w latach 1972-2014. Przykładami prac z największą liczbą cytowań są [1] (12743), [2] (1823), [3] (1035).

Linki:

  1. http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
  2. http://www.sas.upenn.edu/~robertjo/html-physics/vmd/
  3. http://www.physics.upenn.edu/~robertjo/vmd/
  4. http://www.buffalo.edu/ccr/support/software-resources/Visualization/vmd.html

Publikacje:

  1. VMD - Visual Molecular Dynamics. William Humphrey, Andrew Dalke, and Klaus Schulten. Journal of Molecular Graphics, 14:33-38, 1996.
  2. NAMD2: Greater scalability for parallel molecular dynamics. Laxmikant Kalé, Robert Skeel, Milind Bhandarkar, Robert Brunner, Attila Gursoy, Neal Krawetz, James Phillips, Aritomo Shinozaki, Krishnan Varadarajan, and Klaus Schulten. Journal of Computational Physics, 151:283-312, 1999.
  3. Molecular biomimetics: nanotechnology through biology. Mehmet Sarikaya, Candan Tamerler, Alex K. -Y. Jen, Klaus Schulten, and François Baneyx. Nature Materials, 2:577-585, 2003.
  4. http://www.ks.uiuc.edu/Publications/Papers/
  5. http://www.sas.upenn.edu/~robertjo/html-physics/publications/