Biocentrum Ochota - Grafen

Infrastruktura informatyczna dla rozwoju strategicznych kierunków biologii i medycyny

DOSTĘP DO SYSTEMU HPC

Do pracy z klastrem HPC potrzebne są trzy komponenty:

  • klient SSH – umożliwia zalogowanie na węźle dostępowym,
  • klient SCP lub SFTP – umożliwia kopiowanie plików na węzeł dostępowy,
  • serwer X – umożliwia przekierowanie protokołu X11, potrzebne do pracy w trybie graficznym.

Węzeł dostępowy znajduje się pod adresem headnode.kevlar.ippt.gov.pl (IP 10.100.255.73). Logowanie na wszystkie kolejne węzły systemu następuje bez hasła.

Po zalogowaniu się należy skorzystać z menedżera zadań, by uzyskać dostęp do zasobów klastra.

UWAGA – Nie należy logować się ani ręcznie uruchamiać żadnych procesów na węzłach obliczeniowych, które nie zostały przydzielone przez menedżer zadań. Ręczne uruchamianie zadań powoduje zakłócenia w działaniu procesów innych użytkowników.

LOGOWANIE - SSH

Linux i MacOS

W tych systemach klient SSH jest domyślnie zainstalowany. Aby połączyć się z klastrem należy w konsoli systemowej podać polecenie podobne do następującego:

$ ssh -X Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
 

Następnie użytkownik pytany jest o hasło dostępu do klastra. Parametr -X oznacza automatyczne przekierowanie X11 i jest potrzebny, gdy zamierzamy korzystać z aplikacji w trybie graficznym.

Windows

Nie ma domyślnego klienta SSH, należy go ściągnąć i zainstalować. Polecanym klientem SSH jest PuTTy. Jeżeli użytkownik zamierza korzystać z przekierowania X11 wymagane jest zainstalowanie serwera X – polecanym serwerem jest Xming.

 
Powrót na początek strony

PRZENOSZENIE PLIKÓW – SCP

SCP jest najprostszą metodą przenoszenia plików na węzeł dostępowy i z powrotem.

Linux i Mac OS

Protokół SCP jest domyślnie zainstalowany. Należy podać polecenie w konsoli systemowej.

Kopiowanie lokalnego pliku na węzeł dostępowy do katalogu domowego (home directory):

$ scp plik_lokalny uzytkownik@headnode.kevlar:

Kopiowanie pliku z węzła na dysk lokalny:

$ scp uzytkownik@headnode.kevlar:/sciezka/plik_na_serwerze

W obu przypadkach wymagane jest podanie hasła użytkownika. Możliwe jest również kopiowanie za pomocą menedżera plików w wybranym środowisku graficznym (np. Gnome, KDE, XFCE).

Windows

Do kopiowania plików zalecany jest program WinSCP.

PRZENOSZENIE PLIKÓW – SFTP

W systemie Linux dostępne są dwa tryby pracy: interaktywny i wsadowy (batch mode). W Windows zalecany jest program WinSCP.

Tryb interaktywny

Uruchamiany jest poleceniem sftp uzytkownik@remotehost:

$ sftp uzytkownik@headnode.kevlar
user@headnode.kevlar's password: (tu podaj hasło)
Connected to headnode.kevlar.
sftp>
 

Po otwarciu sesji sftp dostępne są polecenia znane z programu ftp: put, get, pwd, cd, lcd. Listę dostępnych poleceń można wyświetlić wpisując help w sesji sftp.

Tryb wsadowy

Może być używany na dwa sposoby.

Sposób 1: Ściągnięcie pliku lub plików z serwera na komputer lokalny. Można używać symboli wieloznacznych (*, ?).

$ sftp user@remotehost:/remote/filename localfilename

Sposób 2: Utworzenie pliku poleceń programu sftp, które będą wykonane jedno po drugim.

$ sftp -b batchfile user@remotehost

Więcej informacji znajduje się w dokumentacji - man sftp.

 
Powrót na początek strony